Zoals uit de inventaris blijkt zijn er verschillende inventarissen van de aanwezige archiefbescheiden opgemaakt. Het betrof hier echter steeds een globale opsomming van de bescheiden zonder dat er sprake was van een systematische. De relevantie van die opsomming lag meer in het feit dat bescheiden van een penningmeester c.q. secretaris werden teruggenomen wegens het beëindigen van de functie.
Het overgrote deel van het archief werd seriegewijs geordend, terwijl vanaf 1956 er sprake was van een min of meer zaaksgewijze ordening. In ieder geval werd vanaf die datum de Code voor de ordening van archieven waterschappen, uitgegeven door de Unie van Waterschapsbonden, gehanteerd. Bescheiden daarvoor in aanmerking komend met een slechte conditie zijn reeds gerestaureerd. Over het algemeen is de conditie van de bescheiden echter goed te noemen.
Wel zijn als gevolg van waterschade en dat weer als gevolg van oorlogshandelingen rond de woning van de toenmalige secretaris/penningmeester bescheiden verloren gegaan.
In 1957 heeft het bestuur van de polder zich aangesloten bij de Stichting Archiefbewaarplaats te Puttershoek, gevestigd in het inmiddels van stoom- naar electriciteitgevoedde gemaal ’t Hooft van Benthuizen. Dat hierdoor men zich verzekerde van een betere bewaring van hun historisch
Archief behoeft geen nader betoog.

Ondanks dat de polderdelen Nieuw-Bonaventura enerzijds en de Mookhoek en Trekdam anderzijds steeds onder één bestuur hebben gefunctioneerd, was er wel steeds sprake van een gescheiden beheer. Men had een eigen molen, derhalve ook eigen rekeningen en een eigen omslag. Tevens werd voor de gronden gelegen onder Puttershoek een eigen omslag geheven. Waar mogelijk zijn deze in de inventarisatie ook geschieden, hoewel dit als gevolg van de handelingsbevoegdheid van het bestuur niet altijd mogelijk is gebleken.
De vernietiging van de daarvoor in aanmerking komende bescheiden heeft plaatsgevonden via de criteria vastgelegd in de in 1991 vigerende vernietigingslijst voor de waterschapsarchieven.