Het waterschap was nauwelijks opgericht of van de zijde van het provinciaal bestuur werd meegedeeld dat zij voornemens waren het waterkwaliteitsbeheer in de provincie te reorganiseren. Reeds in 1978 verscheen hierover de eerste nota. Alras bleek dat de meningen over de wijze waarop deze reorganisatie gestalte moest krijgen zeer uiteen liepen. Er waren drie mogelijkheden.
ten eerste: de provincie hield de taak aan zich; ten tweede: de taak werd ondergebracht (of bleef) bij de waterschappen, zgn. all-in waterschappen; ten derde: het oprichten van een of meerdere zuiveringsschappen, specifiek belast met deze taak.

Het behoeft in feite geen betoog dat het bestuur van het waterschap voorstander was voor het behouden van de huidige situatie. Uiteindelijk heeft het provinciaal bestuur besloten om in Zuid-Holland Zuid een zuiveringsschap op te richten. Voor het overige gedeelte van Zuid-Holland bleef deze taak bij respectievelijk de hoogheemraadschappen Rijnland, Delfland en Schieland. En zo geschiedde het dat het waterkwaliteitsbeheer op 1 januari 1981 over ging naar het Zuiveringsschap Hollandse Eilanden en Waarden.