Het archief van de heerlijkheid Puttershoek is een onderdeel van het Familiearchief Repelaer. In 1973 heeft P.F.A. Vrolijk een inventaris gemaakt van het archief op grond van de toen aanwezige archiefbescheiden. Drie jaar later is echter door de familie Repelaer een aanzienlijke hoeveelheid archief overgedragen. Daartussen bevond zich circa 4 meter heerlijkheidsarchief. In de inventaris van Vrolijk bevonden zich ook een aantal stukken betreffende Puttershoek. Al deze stukken zijn bijeengebracht om binnen het Familiearchief Repelaer een heerlijkheidsarchief Puttershoek te vormen. De familie Repelaer heeft ook persoonlijke bezittingen verworven in Puttershoek. Deze stukken zijn met de daarbij behorende retroacta buiten het heerlijkheidsarchief gehouden.

Het inventariseren van het heerlijkheidsarchief begon met het selecteren van de stukken betreffende Puttershoek uit de overige archiefstukken. Na overbrenging van de archiefstukken naar het Gemeentearchief zijn alle stukken overgepakt in archiefdozen in willekeurige volgorde. Van een aantal was de bundeling tot pakjes niet verbroken en kon vastgesteld worden dat ze overeenkwamen met de archiefinventaris uit de 19e eeuw. Van deze circa 15 pakken waren er nog vier intact. Het zou te overwegen zijn geweest de overige zoveel mogelijk te reconstrueren. Dit is echter niet gebeurd, omdat de bovengenoemde inventaris meer het karakter had van een magazijnlijst, zoals blijkt uit de aanhef Inventaris van documenten, boeken en papieren rakende de heerlijkheid Puttershoek e.a. en berustende op de kast op den zolder in het huis op de Prinsengracht te 's-Gravenhage. De indeling van de inventaris berust op de gedachte, dat men eerst de heerlijkheid verwerft en vervolgens beheert. Daarnaast is men ook overheid, zodat een onderscheid is gemaakt in bestuur en beheer. Sommige afdelingen zijn gesplitst in twee delen, waarvan de tweede is omschreven met overige. Dit is gedaan om de overzichtelijkheid te bevorderen door de afdelingen niet te lang te maken.