Toen in 1645 de heer Van Cromstrijen bepaalde dat er een kist gemaakt moest worden met drie sleutels ter bewaring van de papieren en dat daarvan twee inventarissen zouden worden gemaakt, deed hij dit onder verwijzing naar de vroegere besluitvorming. Om deze zaak af te handelen werden weer enige heren gecommitteerd. Er gebeurde echter niets en het doet enigszins komisch aan op de agenda van 1646 de vraag te vinden, wat volgens de besluiten van het jaar 1645 en de voorgaande jaren in verband met de gemeenlandskist en het inventariseren van de papieren bij Cromstrijen gedaan was. Voor de zoveelste keer werden enige heren gecommitteerd om de inventaris op te maken van alle stukken en papieren, die de heer Van Cromstrijen onder zijn berusting had. Na acht jaren was daaraan dus nog niets gedaan. Een van de gecommitteerden, de heer Van der Graeff nam op zich voor een kist te zorgen (inv.nr.318).
De kwestie van de papieren, die Van Cromstrijen onder zich had, heeft de gemoederen van de ambachtsheren danig beroerd. Op zich was het niet zo vreemd dat Van Cromstrijen stukken mee naar huis had genomen. Als advocaat van het Hof van Holland en als belangstellend aandeelhouder in de Ambachtsheerlijkheid, lag het op zijn weg als verdediger van de belangen van de Ambachtsheerlijkheid op te treden. Daarnaast heeft hij het Hof verzocht bescheiden van de Ambachtsheerlijkheid bij het Hof onder zich te mogen hebben (inv.nr. 520).
In de op deze zaak betrekking hebbende stukken wordt gesproken van papieren “in een groote opgehoopte mande vergadert en versamelt” en van “twee cofferkens met een groote oude kleermande”.
Welke maatregelen de ambachtsheren tegen Mr. Philips van Cromstrijen namen, blijft onduidelijk. Zelf spreekt hij van “vexatiën, die hem tegen alle recht en reden bij eenige quaedwillige werden aangedaan” (inv.nr. 525). maar hij verzwijgt waaruit deze bestonden.

Een ding is zeker, de heren die belast waren met de inventarisatie van de papieren, hebben daarmee getraineerd en zich zeker niet gehaast om voor St. Jacob klaar te komen. Het begin was al ongelukkig. Op 11 mei (8 dagen nadat het besluit genomen was) verschenen de heren Waesop en Van der Horst ten huize van de heer Van Cromstrijen om tot de inventarisatie over te gaan. Aangezien hun beide medegecommitteerden niet kwamen opdagen, maakten zij bezwaar het werk alleen te moeten doen. De heren verontschuldigden zich en verdwenen met de boodschap over acht dagen te zullen terugkomen. Inderdaad kwamen zij terug en namen de inventarisatie ter hand. Van een reeks papieren, waaronder zeer belangrijke, werd een lijst gemaakt en deze werd in een kist gesloten. De rest lieten zij liggen, zeggende eerdaags te zullen terugkomen om het af te werken, zodat de heer Van Cromstrijen weer de beschikking zou kunnen krijgen over zijn vertrek.
Aan deze afspraak hield men zich niet. De heer Van Cromstrijen bleef met de rommel zitten en aangezien hij geen kans zag langs minnelijke weg de heren te bewegen hem ervan te verlossen, en men bovendien beweerde, dat hij “in mora” (d.i. ingebreke) zou wezen, wendde hij zich ten einde raad tot het Hof van Holland met het verzoek de deurwaarder te machtigen de resterende papieren, die nog in zijn kamer lagen, bijeen te mogen pakken en onder een van de secretarissen van dit college in sequestratie te brengen, totdat de nieuwe ambachtskist zou zijn gemaakt en de papieren ten overstaan van hemzelf onder behoorlijke inventaris daarin zou zijn opgeborgen.
Op 13 juni kreeg de suppliant een beschikking op zijn request. De tegenpartij werd bevolen om na ontvangen insinuatie binnen tweemaal 24 uur te antwoorden. Deze bleef evenwel zwijgen, waarop advocaat Van Cromstrijen een tweede beschikking verzocht, die op 30 juni aan de gecommitteerden werd geïnsinueerd.

De deurwaarder vond de heer Van der Horst niet thuis. Aelbracht van der Graeff gaf tot antwoord, dat hij er zich ten hoogste over verwonderde dat de andere ambachtsheren niet waren aangesproken, maar hij twijfelde niet of binnen drie dagen wou worden geantwoord.
Het antwoord echter liet op zich wachten en voor de derde maal wendde Van Cromstrijen zich tot het Hof van Holland met het verzoek verlof te verlenen de papieren door een deurwaarder in beheer te laten nemen.
Toen schijnen de ambachtsheren het genoeg gevonden te hebben. De partijen kwamen tot een akkoord. Op 3 juli verschenen Mr. Philips van Cromstrijen, en de heren Theophilus van Catz, Cornelis Waesop en Aelbreacht van der Graeff voor twee raadsheren en de secretaris van het Hof van Holland en kwamen overeen, dat Van Cromstrijen de stukken en papieren van de Ambachtsheerlijkheid aan de secretaris zou overgeven, door wie ze in tegenwoordigheid van genoemde gecommitteerden zouden worden geïnventariseerd en vervolgens gesloten in een kist met drie sleutels en verzegeld.
De sleutels zouden aan de gecommitteerden ter hand worden gesteld, terwijl de kist voorlopig onder de hoede van de secretaris zou blijven, totdat door de ambachtsheren anders zou worden beslist. Aldus geschiedde. De volgende dag leverde de heer Van Cromstrijen zijn twee 'cofferkens ende oude kleermand' over aan de secretaris en kon de inventarisatie plaatsvinden. Het duurder tot 18 oktober voor deze haar beslag had. De stukken werden toen gelegd in een grote nieuwe kist, die met twee sleutels werd gesloten. De beide sleutels werden aan de advocaat van de ambachtsheren, Mr. Adriaen van der Houck, in bewaring gegeven. De kwestie liep derhalve nogal kalm af.

Een paar maal blijkt echter dat zich onder zekere personen nog papieren bevonden, die op de Ambachtsheerlijkheid betrekking hadden, zoals onder de heer Stalpaert van der Wiele en mejuffrouw Schroeyesteyn te Utrecht.
De heer Van der Horst probeerde de bescheiden van genoemde mejuffrouw los te krijgen. Dit schijnt niet gelukt te zijn, want in 1684 wordt in de resolutie vermeld, dat er nog rekeningen en stukken bij haar erfgenamen zijn. De ambachtsheren zagen deze gaarne terug, zonodig tegen betaling. Zij stelden daartoe de zaak in handen van de gecommitteerde ambachtsheren. Aangezien de besluiten er verder het zwijgen toe doen, mag men aannemen dat de gecommitteerde ambachtsheren er zich verder niet druk over hebben gemaakt. Trouwens de zorg voor het archief heeft de volgende 55 jaren geen punt van bespreking op de vergaderingen meer uitgemaakt.
Eerst in 1739 gaat men er weer aandacht aan schenken. Aanleiding was vermoedelijk de ongunstige toestand waarin de toen pas aangetreden secretaris Martinus van Halteren de secretarie van Klaaswaal aantrof (Inv.nr. 319).
Niet alleen werd hij gelast orde in de chaos te scheppen, maar ook werd hem bevolen alle papieren, die in dat jaar op zijn kantoor waren ingekomen, over te leveren, er een lijst van te maken en alles in de ambachtsherenkist te leggen. Tevens werd besloten, dat de heren gecommitteerden eens per jaar de gemeenlandskist zouden inspecteren, om te zien of de stukken ordelijk en droog werden bewaard. De aftredende gecommitteerde zou dadelijk zijn sleutel van de kist, waarvan zijn collega er ook een had, aan zijn opvolger moeten geven. In de vergadering van het volgend jaar rapporteerde burgemeester Van Hoogendorp dat er een behoorlijke inventaris was gemaakt van alle documenten, die in de ambachtsherenkist waren gevonden, welke inventaris ter vergadering werd overlegd. De gecommitteerden werden voor hun moeite bedankt en het rapport voor kennisgeving aangenomen.

Na dit alles doet het wel vreemd aan het volgend jaar de gecommitteerden te horen rapporteren, dat zij de inventaris van de documenten, op de Ambachtsheerlijkheid betrekking hebbend, hadden onderzocht en bevonden dat er geen papieren van belang in waren.Zij gaven de vergadering in overweging hen machtiging te verlenen een onderzoek in te stellen, waar en onder wie de ontbrekende stukken zich bevonden en pogingen aan te wenden deze terug te krijgen. Aldus werd besloten.
Staande ter vergadering deelde de heer Bosch mede, dat hij de processtukken, rakende de geschillen tussen de Ambachtsheerlijkheid en de eigenaar van de gorzen van het Land van Essche uit de ambachtskist had meegenomen naar Leiden, waar hij woonde. Hij beloofde ze te zullen terugbrengen en voegde eraan nog toe, dat hij bereid was alle originele stukken, die hij onder beheer had, ten behoeve van de Ambachtsheerlijkheid over te geven en dat hij, voor zover hij bezitter was van enige authentieke kopieën, bereid was daarvan gewaarmerkte afschriften te leveren op kosten van de ambachtsheren.
Na zijn dood hebben de ambachtsheren de grootste moeite gehad de hierboven bedoelde stukken uit handen van zijn weduwe terug te krijgen. In 1742 werd een nieuwe rentmeester aangesteld in de persoon van Abraham Sam, als opvolger van Hendrik van Santheuvel. Hij nam alle stukken over van weduwe van Santheuvel en vanaf die tijd bevond de ambachtsherenkist zich bij Sam.

In 1918 werd het archief opgeborgen in een kluis van de Nederlandse Handelsmaatschappij te Rotterdam. In 1934 is het bij het Algemeen Rijksarchief gedeponeerd om te worden geordend door de heer Avis.
Van deze inventarisatie heeft Avis de volgende verantwoording gegeven:
“Van een bepaalde ordening van voor 1800 is mij niets gebleken. De ordening die ik aantrof, was over het algemeen die van de rentmeester Arie Vlielander. Diens inventaris dateert van 1864. In zoverre heb ik mij aan zijn ordening gehouden, dat ik de stukken, die op een bepaalde zaak betrekking hebbende bij elkaar gevoegd waren, bij elkaar heb gelaten. Zonodig werd ervan afgeweken en de handleiding gevolgd. Stukken bijvoorbeeld, die oorspronkelijk tot dossiers hadden behoord, maar daarvan waren afgedwaald, werden weer zoveel mogelijk daartoe teruggebracht. Verder werden de stukken, die tot het rechterlijke archieven van Klaaswaal en Numansdorp behoorden alsmede tot de polderarchieven, eruit geschift. Of ik het altijd hierin bij het rechte eind gehad heb, durf ik niet met zekerheid te zeggen. Daarom is het dan ook wenselijk deze inventaris niet af te sluiten zolang voornoemde archieven niet geordend zijn. Er heeft indertijd een scheiding plaatsgevonden, maar de aanwezigheid van polderrekeningen met het opschrift 'omme den rentdant', van minuten van schepenakten en andere stukken, wijst, erop, dat die scheiding enigszins globaal heeft plaats gehad.
Evenals er stukken uit de rechterlijke archieven en de polderarchieven in het Ambachtsheerlijkheid’s archief zijn achtergebleven, kunnen er ook stukken uit dit archief in de andere archieven zijn terecht gekomen. Nogmaals: ordening van de rechterlijke archieven en de polderarchieven, en van de laatste wel in de eerste plaats, is ten zeerste gewenst, vooral ook omdat de Ambachtsheerlijkheid in waterstaatszaken ten nauwste met de polders samenwerkte”.