In 1851 kwam de eerste Gemeentewet tot stand. Op grond van deze wet werd het bestuur in alle steden en dorpen op uniforme wijze ingericht, hetgeen voorheen niet overal het geval was. Dat gebeurde ook in beide voorlopers van de zelfstandige gemeente Hendrik-Ido-Ambacht: de gemeente Hendrik-Ido-Schildmanskinderen-Ambacht en de Oostendam en de gemeente Sandelingenambacht. Deze wet bepaalde ook dat het gemeentebestuur werd bijgestaan door de gemeentesecretaris. Die ambtelijke functie was weliswaar niet nieuw, maar kreeg in 1851 wel een wettelijke status. Of de gemeentesecretaris van de nieuw ontstane gemeente Hendrik-Ido-Ambacht uit 1855 zijn werk alleen deed, is niet bekend. Mogelijk kon hij rekenen op de assistentie van een of meer onder zijn leiding werkende medewerkers. Die waren in dat geval organisatorisch ondergebracht in wat gaandeweg na 1851 de gemeentesecretarie of kortweg de secretarie ging heten.
Tot 1 juli 1970 kende de Gemeentesecretarie van Hendrik-Ido-Ambacht wel een verdeling van werkzaamheden onder de gemeentesecretaris en zijn medewerkers, maar was er formeel nog geen sprake van afdelingen of bureaus. Die werden toen geformeerd onder de namen: afdeling Financiën, Onderwijs en Personeelszaken en de afdeling Algemene Zaken, onderverdeeld in totaal 7 bureaus.
Daarmee stond de verdere ontwikkeling van de ambtelijke organisatie in de daaropvolgende decennia niet stil. Dit leidde ertoe dat per 1 februari 1996 de Gemeentesecretarie en Gemeentewerken werden opgeheven en de nieuwe ambtelijke organisatie werd ingedeeld in drie sectoren, met bijbehorende afdelingen: Maatschappelijke Zaken, Ruimtelijke Zaken, en Middelen en Bestuurlijke Zaken.

Volgens de gemeentelijke website bestaat de gemeentelijke organisatie anno 2015 uit de gemeentesecretaris/algemeen directeur en de afdelingen: Beleid en Ontwikkeling, Publiekszaken, Beheer Openbare Ruimten, Bestuurszaken en De Volgerlanden.