Reeds in het jaar volgende op de liquidatie van het Geneeskundig gesticht voor krankzinnigen werd het archief overgebracht naar het Gemeentearchief Dordrecht. In het jaarverslag over 1899 lezen we hierover: een andere belangrijke aanwinst was de overbrenging van het vrij uitgebreid archief van het gesticht voor krankzinnigen, welk archief behalve eenige charters en losse stukken 712 deelen en 340 pakketten bevat. Hiermede zijn thans alle ons bekende archieven van met de stad verbonden stichtingen onder ons beheer gebracht. Reeds in het volgende jaar was de inventarisatie voltooid hierna werd het archief van het Geneeskundig gesticht voor krankzinnigen geordend, beschreven en ingedeeld. Dit archief bleek minder belangrijk dan vermoed was, daar het geen bescheiden bevat uit de archieven der kloosters, waarvan de goederen na de Reformatie aan dit gesticht werden toegekend.

Het is echter belangrijk voor de studie over de verpleging der krankzinnigen in de 17de en speciaal in de 18de eeuw. Tevens bevatte dit archief 60 stukken afkomstig van het Leprooshuis en 11 van het Heilige geest- en pesthuis ter Grooter Kerk, welke stichtingen later gedeeltelijk met het gesticht samensmolten. Uit deze zinsnede blijkt reeds de gehaastheid waarmee J.C. Overvoorde in 1900 de inventaris samenstelde. De kloostergoederen immers werden na de Reformatie uiteraard niet aan het Krankzinnigengesticht toegekend, aangezien dit gesticht toen nog niet bestond en eerst in 1759 zou worden opgericht. Ook is het slechts zeer ten dele waar dat het Leprooshuis en het Heilige geest- en pesthuis ter Grote Kerk met het gesticht samensmolten. Weliswaar werd de verpleging van geestesgestoorden van beide godshuizen overgenomen doch dit betrof slechts één van de vele werkzaamheden van die inrichtingen. Met hetzelfde recht zou gesteld kunnen worden dat het Heilige geesthuis samensmolt met het weeshuis aangezien daar na 1759 de weeskinderen terecht kwamen.

De aanwezigheid van archivalia van de beide godshuizen in het archief van het gesticht is veeleer te verklaren uit het feit dat de regenten van het Heilige geesthuis, die na 1759 hun gebouwen moesten afstaan, bleven vergaderen in het Krankzinnigengesticht en de fondsen van de twee liefdadige instellingen gedeeltelijk werden aangewend voor de verpleging van geestesgestoorden. Overvoorde beschreef de archivalia van de drie instellingen in één doorlopend genummerde inventaris. Aangezien de inventaris niet voldeed aan de huidige normen van indeling en beschrijving van de bescheiden werd besloten het archief geheel opnieuw te inventariseren. De archieven van het Leprooshuis, Heilige geest- en pesthuis ter Grote Kerk en Agnieten- en Cellebroedersklooster zullen in een later stadium worden bewerkt.

In het archief is slechts een beknopte instructie betreffende de werkzaamheden van de rentmeester aanwezig *  doch uit incidentele mededelingen in de notulen blijkt duidelijk dat deze functionaris die als bezoldigd medewerker verantwoording verschuldigd was aan het College van regenten ook werkzaam was als secretaris en als zodanig belast was met het beheer van het archief. Waarschijnlijk werden de stukken die niet direct voor de lopende zaken van belang waren, bewaard in het gesticht terwijl de in gebruik zijnde notulenboeken, patiëntenregisters e.d. bij de rentmeester thuis stonden en daar ook werden bijgehouden.

Regelmatig immers klaagden de inspecteurs voor het staatstoezicht op krankzinnigen over het ontbreken van een patiëntenadministratie in het gesticht en drongen zij er bij de regenten op aan een lokaal in te richten waar de registers dagelijks konden worden bijgehouden. *  Voor zover na de inventarisatiewerk- zaamheden van Overvoorde nog viel na te gaan, vormden de rentmeesters een aantal series bestaande uit notulen, registers van uitgegane brieven, eigendomsbewijzen van bezittingen, rekeningen, registers betreffende de stand van de bevolking, akten van confinement en ontslag en registers met medische gegevens van patiënten. De bijlagen bij de notulen vormen een hoofdstuk apart.

Tot 1812 ontbreken zij geheel. De stukken die later als bijlagen zouden worden beschouwd, zijn toen voor zover niet vernietigd los bewaard. In de periode 1812 - 1841 heeft men de ingekomen stukken chronologisch geordend in omslagen met de letters A-ZZZ. In 1842 ging men er toe over ze te ordenen in rubrieken geletterd AAAA-ZZZZ. Dit systeem werd voortgezet tot in 1866, al veranderde de omschrijving en indeling van de rubrieken tussentijds door nog twee keer. In 1867 schakelde men weer over op een chronologische ordening. Weliswaar werd bij de behandeling van een ingekomen stuk in de vergadering van de regenten steeds in het notulenboek aangetekend waar het stuk geborgen was, fiat insertionr .. doch de agenda's ontbreken geheel. Om de bijlagen bij de notulen toch toegankelijk te maken is voor de periode van de rubrieksgewijze ordening een overzicht van de omschrijving van de rubrieken in deze inventaris opgenomen, terwijl voor de periode van de chronologische ordening een repertorium op de belangrijkste stukken is samengesteld.

Naast de genoemde series bevonden zich in het archief dan nog de losse stukken. Enerzijds betrof het hier bescheiden ontvangen of opgemaakt voor 1812, anderzijds vielen hieronder de niet in de vergadering van de regenten behandelde en dus ook niet in de bijlagen bij de notulen opgenomen stukken. Deze bescheiden zijn afzonderlijk beschreven en gegroepeerd rondom de series. Zoals bij de behandeling van het Leprooshuis reeds is gebleken, hield deze instelling in 1759 op te bestaan. Vanaf dat moment traden de regenten van het Stads krankzinnig- en beterhuis op als beheerders van de fondsen van dit voormalige godshuis. De rentmeester diende hiertoe jaarlijks bij de regenten een rekening van inkomsten en uitgaven in totdat in 1809 de administratie van de bezittingen geheel werd verenigd met die van het gesticht. *  .

Besloten werd de stukken betreffende het beheer van de fondsen door de regenten onder te brengen in een dossier voorzien van een rotulus. Een en ander is in deze inventaris opgenomen onder nummer 354. Anders lagen de zaken met het Heilige geest- en pesthuis ter Grote Kerk. Deze instelling bleef tot in 1809 min of meer zelfstandig bestaan en derhalve behoren de tot dat jaar gevormde stukken in het archief van dat godshuis. Na de opheffing werden de fondsen onmiddellijk verenigd met die van het gesticht. Aan de hand van de notulen, de manuscriptbeschrijving van J.G.C.P. Vrijthoff en de in de Archiefbibliotheek aanwezige Heerenboekjes. zijn lijsten opgesteld van de bestuurders, medisch en huishoudelijk personeel. Vernietiging uit het archief heeft niet plaatsgevonden. Op de oude inventaris van Overvoorde is geen concordans vervaardigd, aangezien deze voor zover bekend nooit in publikaties is geciteerd.